Další zprávy
Sjednocení pravidel v molekulární diagnostice zlepší výzkum Pá 17.4.2009
Biologie | Inovace | Hlavní město Praha | Ústavy Akademie vědBiotechnologický ústav Akademie věd České republiky, v. v. i. (BTÚ AV ČR) a Americká asociace klinické chemie (AACC) společně oznámily uveřejnění sjednocených pravidel (standard) pro klíčovou laboratorní metodu nazývanou qPCR (kvantitativní polymerázová řetězová reakce).
Standard publikovala mezinárodní skupina vědců reprezentujících lékařské a vědecké výzkumné obory.
qPCR je široce používaná metoda v klinické diagnostice, od detekce patogenů po prognostiku rakoviny. Nové studie využívající právě tuto metodu neustále přibývají. Sjednocená pravidla, která jsou první svého druhu, specifikují minimální soubor informací, které výzkumníci musí poskytnout vydavateli vědecké publikace, aby jejich data byla dostatečná pro zveřejnění. Cílem těchto pravidel je zvýšení transparentnosti a kvality výzkumných studií tak, aby experimenty používající qPCR mohly být přesně reprodukovány jinými vědci a zlepšila se tak celkově jejich kvalita a validita.
Autoři tohoto doporučení, včetně prof. Stephena A. Bustina z Institutu buněčných
a molekulárních věd (Queen Mary Hospital, University of London), poukazují na velmi rozšířený problém, že qPCR data byla – a dosud jsou – často mylně hlášena a interpretována. „Většina publikovaných qPCR studií neposkytuje dostatečné množství experimentálních detailů a vědci, kteří tyto práce chtějí použít, bývají na rozpacích, zda závěry vyplývající
z těchto studií jsou skutečně platné. Například v důsledku špatné interpretace získaných výsledků bylo poukázáno na propojení autismu a protivirového MMR očkování,“ řekl prof. Bustin. Když byly experimenty analyzovány správně, ukázalo se, že publikované, nesprávné závěry byly učiněny na základě chybného experimentálního postupu. Dalším příkladem může být „zásadní objev roku 2005”, publikovaný v časopisu Science, zabývající se rostlinnou genetikou. O dva roky později musel být tento článek stažen kvůli chybně interpretovaným výsledkům qPCR.
qPCR pravidla zahrnují seznam nezbytných a doporučených kroků, které by měly být součástí qPCR experimentu. Pokud budou tyto postupy aplikovány, autoři by měli být schopni provést
a publikovat qPCR experimenty s mnohem větší vypovídající hodnotou a přesností. Recenzenti a editoři časopisu stejně jako laboratorní manažeři budou schopni porovnat technickou kvalitu publikovaných dat se zavedeným standardem. A co je nejdůležitější, výsledkem dodržování těchto doporučení budou publikované výsledky, které budou fakticky správné.
„Tato pravidla zlepší kvalitu a hodnověrnost publikovaných výsledků, tudíž znásobí rychlost rozvoje nových molekulárně diagnostických testů založených na qPCR,“ doplnil informace spoluautor Dr. Mikael Kubista, vedoucí laboratoře genové exprese Biotechnologického ústavu AV ČR, v. v. i., a zakladatel TATAA Biocentra.
„Sjednocená pravidla byla vytvořena společně vědci z pěti zemí, kteří mají mnoholeté zkušenosti s qPCR a tato doporučení by měla pomoci hodnotit budoucí qPCR studie, které budou přijímány do našeho vědeckého časopisu,“ poznamenal Dr. Nader Rifai, editor časopisu Clinical Chemistry, který publikoval zmíněná vědecká qPCR pravidla v letošním dubnovém vydání. Kompletní článek je dostupný online na http://www.clinchem.org/cgi/content/full/55/4/611.
PODKLADY
O kvantitativním PCR (qPCR):
qPCR je modifikace metody, polymerázové řetězové reakce, kterou v roce 1986 objevil Kary Mullis a jež vyvolala doslova revoluci v biologickém výzkumu a autorovi vynesla Nobelovu cenu za chemii v roce 1993. qPCR umožňuje přesné měření změny jediné kopie DNA
v milliony kopií v méně než jedné hodině. Jednoduchost této metody umožnila její široké rozšíření a stala se téměř nezbytností jak pro vědecký výzkum, lékařskou a forenzní analýzu, tak i pro kontrolu kvality potravin a obranu proti bioterorismu.
Více informací o doporučených postupech pro qPCR:
1. S. A. Bustin, V. Benes, J. A. Garson, J. Hellemans, J. Huggett, M. Kubista, R. Mueller, T. Nolan, M. W. Pfaffl, G. F. Shipley, J. Vandesompele, and C. T. Wittwer, The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments. Clinical Chemistry 55 (2009) 609–620. http://www.clinchem.org/cgi/content/full/55/4/611 (full text)
2. http://www.rdml.org/miqe/
3. Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations (http://www.mibbi.org)
AACT
Americká asociace pro klinickou chemii (AACC) je vedoucí profesionální společností, která se věnuje zlepšování kvality péče o pacienty a zaměřuje se na laboratorní praxi. Má přes 9000 členů, kteří jsou klinickými laboratorními profesionály, lékaři, výzkumnými pracovníky, a další pracovníky, kteří vyvíjejí testy a přímo se účastní laboratorních prací. AACC slučuje tuto komunitu dohromady pomocí programů, jež zvyšují expertizu, inovace a vědomosti. Pro více informací na toto téma či o společnosti AACC a jejích programech a publikacích kontaktujte Peter Pattersona 
).
BTÚ AV ČR:
Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., je nejmladší veřejná výzkumná instituce zřízená Akademií věd České republiky. Byla založena 1. ledna 2008 a sídlí v biomedicínském výzkumném centru AV ČR Praha-Krč. Hlavním účelem založení nové instituce je snaha podpořit rozvoj špičkového základního a orientovaného biologického výzkumu v oblastech
s vysokou pravděpodobností praktického využití výsledků výzkumu a vývoje např.
v diagnostických a terapeutických aplikacích v humánní medicíně. Biotechnologický ústav, který v současné době zahrnuje šest výzkumných týmů a další dva týmy nyní ustavuje, je rovněž krystalizačním jádrem pro společné Centrum biotechnologického a biomedicínského výzkumu Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy ve Vestci u Prahy – BIOCEV. To by mělo být vybudováno v rámci Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace s podporou evropských fondů pro regionální rozvoj do roku 2012. Více informací naleznete na:http://www.ibt.cas.cz/en.
přilohy
Související články:
OPT skener odhalí i skryté nemoci Pá 18.5.2012
Unikátní optický projekční tomograf Bioptonics OPT Scanner 3001 uvedla slavnostně do provozu ve čtvrtek 17. května 2012 v budově oddělení biomatematiky Fyziologického ústavu (FGÚ) Akademie věd ČR v Praze jeho ředitelka Dr. Lucie Kubínová. Hlavním úkolem tohoto přístroje je vytvářet trojrozměrné obrázky a videa především živočišných a rostlinných tkání, orgánů a menších organismů. Jde například o embrya, drobné vyvíjející se orgány, celé drobné živočichy nebo části lidských těl, listy, plody a rostlinná pletiva.
Fyzika | Inovace | Hlavní město Praha | Ústavy Akademie věd
GIS v Botanické zahradě Út 15.5.2012
Prezentace botanického geoinformačního systému BOTANGIS, umožňujícího lokalizaci rostlin v terénu Botanické zahrady UP a rostlin Sbírkových skleníků Výstaviště Flóra. Součástí akce je komentovaná prohlídka Botanické zahrady. Akce se koná 23. květen 2012 ve Smetanových sadech.
Biologie | Avízo | Olomoucký kraj | Univerzita Palackého v Olomouci
Den fascinace rostlinami So 12.5.2012
Přiblížit veřejnosti svět rostlin a práci odborníků, kteří ho zkoumají – to je cílem mezinárodního Dne fascinace rostlinami, který proběhne 18. května 2012. K této iniciativě se přihlásily také české univerzity, výzkumné ústavy, botanické zahrady, neziskové organizace a firmy. Uspořádají proto od 14. do 27. května řadu populárně-vědeckých akcí.
Biologie | Avízo | Olomoucký kraj |Partneři
